Расследование дела вели сотрудники ФСБ и Главного следственного управления по расследованию особо важных дел Следственного комитета Российской Федерации. Министр задержан.

«15 ноября 2016 года по результатам проведенного ФСБ России комплекса оперативных мероприятий Главным следственным управлением по расследованию особо важных дел Следственного комитета Российской Федерации возбуждено уголовное дело в отношении Министра экономического развития Алексея Улюкаева», - говорится в сообщении Следственного комитета.

По информации СК, обстоятельства преступления связаны с получением Улюкаевыем 14 ноября 2016 года двух миллионов долларов США за выданную Минэкономразвития положительную оценку, позволившую, по версии следствия, нефтяной компании «Роснефть» купить государственный пакет акций «Башнефти».

В СК уточнили, что в ближайшее время Улюкаеву будет предъявлено обвинение, следствие намерено также подать ходатайство о мере пресечения для министра.​

Алексей Улюкаев был в разработке у правоохранительных органов не меньше года, рассказал РБК источник, знакомый с ходом расследования. По его словам, оперативное сопровождение дела осуществляло управление собственной безопасности ФСБ. Деньги министру передавались под контролем сотрудников спецслужбы, «как и в случае с губернатором Кировской области Никитой Белых», отметил собеседник РБК.

Минэкономразвития сообщило о завершении сделки по продаже «Роснефти» принадлежавшего государству контрольного пакета акций компании «Башнефть» 12 октября.

«Сегодня завершена сделка по продаже обыкновенных именных акций ПАО «АНК «Башнефть» в количестве 88951379 штук (50,0755% уставного капитала)», - заявил тогда глава министерства Алексей Улюкаев. По его словам, вся сумма, которую «Роснефть» заплатила за акции «Башнефти», поступит в бюджет. «Вся сумма - 329 690 млн руб. - поступит в бюджет РФ», - заверил тогда​ Улюкаев.

Споры о приватизации «Башнефти» продолжались все лето, многие чиновники считали, что «Роснефть», подконтрольная государству через холдинг «Роснефтегаз», не должна участовать в приватизации. Из-за этого спора в середине августа правительство отложило приватизацию «Башнефти», однако 10 октября премьер Дмитрий Медведев подписал распоряжение о продаже «Роснефти» 50,08% «Башнефти», а 12 октября компания перечислила в бюджет за этот пакет 329,69 млрд руб. ($5,3 млрд).

Но еще раньше, 2 сентября, когда правительство только отложило приватизацию Башнефти, Улюкаев официально заявил, что Роснефть формально все-таки будет допущена для участия в этой сделке. «В юридическом смысле сейчас «Роснефть» является допущенной (к участию в приватизации «Башнефти»)», - сказал тогда Улюкаев. Он пояснил, что в законе о приватизации есть норма «о том, что в случае если сделка делается в интересах развития фондового рынка, не распространяется требование о том, чтобы компания, которая имеет 25% и больше (участия государства в капитале), не допускалась».​ «Формально, исходя из этого положения, а также из того, что формально, напрямую она («Роснефть») не является государственной - а через «прослойку», то есть «Роснефтегаз», - формально она является допущенной», - уточнил он.